iPadではブラウザの権限制限があるため、利用できる方式を自動選択します。対応ブラウザではFile System Access API、それ以外ではファイル選択+プロジェクト書き出しを使います。
※ Safari/iPadOSではフォルダへの常時アクセスが制限される場合があります。その場合もIndexedDB+ファイル入出力で作業を継続できます。
初回オンライン時にランタイムを取得してキャッシュしてください。完了後は、取得済みの主要ランタイムをオフラインで再利用できます。